Sharp R-120DW Bedienungsanleitung PDF herunterladen (Seite 143)

8 Ligandenbasiertes virtuelles Screening

119

Gruppen) ausgewählt und deren mögliche Abstände für die Poling-Funktion

verwendet. Eine steigende Anzahl der chemischen Merkmale (

features) einer

Verbindung lässt die Rechenzeit schnell explosionsartig wachsen, weshalb in

CATALYST

eine maximale Poling-Distanz pro Merkmal festgelegt wird. Die

kombinierten Distanzen entsprechen dem totalen Wert der

Poling-Distanz N

8.3.2 Der HypoGen-Algorithmus

Zur Bildung eines pharmakophoren Modells stehen in CATALYST

zwei Methoden

zur Auswahl: der HypoGen-Algorithmus und die HipHop-Funktion.

HypoGen generiert dreidimensionale Hypothesen auf der Grundlage von

biologischen Aktivitäten verschiedener Substanzen eines

training sets. Ein HipHop-

Modell hat dagegen lediglich qualitative Aussagekraft. Es wird angewendet, wenn

nur eine kleine Anzahl von aktiven Verbindungen vorhanden ist bzw. wenn keine

biologischen Daten der aktiven Substanzen vorliegen.

Der HypoGen-Algorithmus durchläuft einen iterativen Prozess, welcher aus 3

Hauptzyklen besteht (Abb. 8.4). In einer ersten konstruktiven Phase (Abb. 8.5)

werden zunächst die acht Substanzen mit den höchsten Aktivitäten eines

trainig sets

nach Gl. 8.6 bestimmt und die Konformationen der beiden „aktivsten“ mit den sechs

übrigen verglichen.

0.0

Unc

UncMA

>−× (Gl. 8.6)

Abbkürzungen: Unc = uncertainty; MA = Aktivität der most active compound; A = Aktivität der active

compound.

Es entsteht ein Datensatz verschiedener pharmakophorer Modelle. Diese werden in

der subtraktiven Phase (Abb. 8.6) mit den Konformeren der weniger potenten

Substanzen auf Ähnlichkeiten untersucht und von denjenigen Modellen befreit, die

mit mehr als der Hälfte ihrer Merkmale mit den wenig aktiven Verbindungen

übereinstimmen. Die

least active compounds des training sets können nach Gl. 8.7

errechnet werden.

5.3)MAlog()Alog( >

−

(Gl.8.7)

1 2 ... 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 ... 332 333

Keine Kommentare

Sharp R-120DW Bedienungsanleitung Seite 143